Strămoșii lui Gabriel Bethlen, familia Neczpáli, dețineau moșii în comitatele Békés și Zaránd. Se presupune că familia Bethlen și-a luat numele de la localitatea Iktár din comitatul Temes, pe care probabil l-au dobândit în secolul al XIV-lea. Bunicul lui Gabriel Bethlen, purtând același nume, a condus șase sute de viteji cu lance la bătălia de la Mohács și, în urma înfrângerii și a conflictelor interne, l-a sprijinit pe Ioan Zapolya împotriva lui Ferdinand. Tatăl său, Farkas Bethlen, a fost inițial susținător al lui Ferdinand și s-a făcut remarcat în luptele împotriva turcilor, apoi, la chemarea lui Ioan Sigismund, s-a stabilit în Transilvania, unde a devenit căpitan suprem al țării. A participat alături de Ștefan Báthory, principele Transilvaniei, la bătălia de la Kerelőszentpál din 1575, iar pentru meritele sale a primit în 1576 domeniul de la Marosillye.

Mama lui Gabriel Bethlen, Druzsina Lázár, provenea dintr-o familie de nobili secui din Gyergyószárhegy. Dintre copiii lui Farkas Bethlen și Druzsina Lázár, doar Gabriel și fratele său István, născut în 1584 și viitor principe, au ajuns la maturitate. Cei doi băieți au fost crescuți în castelul de la Marosillye până la moartea tatălui, care a survenit în 1590 sau 1592. Deși au învățat să citească și să scrie acasă, educația lor a pus accent pe cunoștințele practice și militare. Farkas Bethlen intenționa să-l trimită pe Gabriel să studieze la Academia iezuită din Cluj, însă moartea sa prematură a împiedicat acest lucru.

După ce Ștefan Báthory a confiscat moșia de la Marosillye de la orfani, mama lor s-a mutat cu fiii săi la fratele ei, András Lázár, în Gyergyószárhegy. După moartea mamei, băieții au fost crescuți de András Lázár, care îi destina unei cariere militare și nu a acordat prea multă atenție educației lor culturale. Gabriel Bethlen a amintit mai târziu că nu au fost învățați latină, pe care a reușit să o recupereze parțial în mod autodidact.